孙中山与日本深交，“中山”取自日本侯爵中山孝麿的姓，流亡期间冒充日本人时，孙中山使用“中山樵”这个日本名。毕生资助孙中山革命，折合现在的价值总额超过100亿美元的日本电影事业家梅屋庄吉的外孙女小坂文乃去年起就开始演讲她的著书《制作革命的日本人》，她说：“孙文先生流亡海外约30年生涯中，约三分之一的时间在日本，前后访日超过了10次。”小坂保管着不少孙中山1895年至1924年期间在日本留下的文墨和用具等。

孙中山接触过的日本人，包括跟他3年、并生了女儿的妾大月薰在内超过千人，名留史册的还有援助他流亡、在日本筹划革命的政客犬养毅、右翼组织创始人头山满、右翼组织黑龙会头目内田良平等，以及志同道合的盟友宫崎滔天、山田纯三郎等。援助孙中山的日本人大部分是右翼，与现在右翼只维护日本权益不同，当时的右翼是大亚洲主义，与孙中山振兴民族、觉醒亚洲的目标有接点。但日本政府在1894年甲午战争后，一直担心清朝报复，谋求与清朝修复关系。

1895年孙中山领导的兴中会广州起义失败后，冒着清朝在香港1000银元的悬赏风险，孙中山首次流亡日本，然后转往美国。1897年他第二次抵达日本、开始活动时，日本朝野政客认为“孙文没学识，比不上康有为”的看法普遍、日本政府则不愿因孙中山影响与清朝的关系，以至于孙中山访日，经常遭遇禁止入境、没居留资格，甚至驱逐出境的待遇。每次都靠犬养毅游说内阁，几经周折才取得孙中山入境许可和居留资格。1900年，孙中山酝酿的惠州起义失败，也有从日本收集到的枪炮竟是官僚腐败制造的废品原因。

辛亥革命前，孙中山去欧美、成功游说了停止对清朝贷款。日本跟随欧美才停止了对清朝贷款，但辛亥革命后，日本政府怕民国对日本不利，再援助袁世凯。1914年一战爆发，日本参战，登陆山东半岛、占领青岛。1915年袁世凯同意日本“二十一条最后通牒”，换取日本保证他的皇位。

1924年孙中山最后一次访日，目的是游说日本废除在中国的不平等条约。他在神户发表的“大亚细亚演讲”，被日本视为对日遗言：“东方文化乃王道、西方文化乃霸道；王道主张仁义道德、霸道主张功利强权；王道依正义公理感化人、霸道依洋枪大炮压迫人。日本国民要慎重考虑及选择，或做西方霸道的猎犬，或做东方王道的干城”。
孙中山去世后，早已分化的“大亚洲主义”加剧对立。反军事扩张的犬养出任首相期间，被一群主张军事扩张的青年军官枪杀、反侵略中国的头山满斡旋蒋介石与东条英机和谈不果，落魄隐居。

已故京都大学教授贝塚茂树在他的著作《孙文与日本》开卷就说：“为了不成功的革命苦斗的孙文，再三被日本政府出卖。但被出卖的孙文对日本国民至死都贯穿着信赖和友情”。