前总统马英九结束在北京的马习会后，回台即透过马英九基金会对外表示，呼吁国会蓝白在野党合作尽速修正反渗透法，去除两岸交流阻碍。国民党呼应修法主张，引发热烈讨论。民进党直指国民党此举是企图与中共联手弱化国安防火墙。民进党政策会执行长甚至说，不容许任何放宽「反渗透法」的修法，会抗争到底。
反渗透法的争辩到底在吵什么？根据大陆委员会的公开说明资料，必须有受境外敌对势力指示、委托、资助的「渗透作为」，加上从事「不法行为」，才会成为处罚对象。世界上其他民主国家对防范境外敌对势力渗透干预，也都立法加以因应。例如美国有「外国代理人登记法」、「反外国宣传与造谣法」等等；德国「社交网路强制法」、加拿大「竞选广告透明法」、及澳洲「反间谍及外国干预法」。
现今民主国家谨慎防范境外假消息、以及境外势力介选，纷纷立法保护国内的民主宪政秩序。台湾有反渗透法并非特例，支持者将其比喻为「民主体制防毒软体」。
反渗透法主要为防范敌对势力的渗透干预，而这里指的境外敌对势力就是中国。法条规范不得从事的行为包括贿选、游说、及公投等选举。举2024大选期间，因涉反渗透法遭起诉的案例，一是台湾中华泛蓝协会郑姓成员，招揽近140名团员赴大陆，落地食宿费用全接受大陆方面招待，当地台办人员并全程派员随行，藉餐会鼓吹团员支持特定候选人、或政党，及表达希望团员返台后持续协助宣传。另一个案例，是桃园市无党籍立委候选人马治薇，被控接受中国对台工作单位人员超过百万台币的资助，并提供台湾相关情报，她因涉犯国家安全法、反渗透法遭到起诉。
反对反渗透法的意见认为法条文字「任何人不得受渗透来源之指示、委托或资助」的法律要件不够明确。大选期间，有蓝营立委抱怨选区内里长因为到大陆旅游遭调查，虽然经查没事，但实在是不愉快的经验。立场偏蓝的《中国时报》社论指，反渗透法成为打击异己的政治工具。检调机关可以动辄进行约谈，「目的在制造寒蝉效应，让民众产生不敢与大陆交流的恐惧感」。
长期关注认知作战的民进党立委沈伯洋不赞同这个说法，他表示，跟台湾相比，中国相关规定多如牛毛，台湾人去中国被失踪、被调查的不计其数，那才叫寒蝉效应。如果中国国民党真的很在意两岸交流，是否应先建议中国修改《情报工作法》、和《反间谍法》，才是正途。
陆委会也表示，反渗透法在总统大选、立委选举期间，发挥了导正选举风气、防止中共介选的关键作用，这是有效防范中共各个作为的手段。
朝野针对反渗透法的激辩，可说是蓝绿在两岸交流态度上的缩影。国民党力图修正将中国大陆列为敌对势力的法律，认为这将阻挠与中国进一步靠近。目前国会生态，蓝营以些微差距取得多数，使得国会攻防更形火热。
国民党主张修法，尚未研拟提出草案；中国国台办呼应喊说反渗透法是一部恶法。总统当选人赖清德顺势将二者做连结说，国台办一出声，国民党就要修改反渗透法和国安相关法令的主张，不只会伤害台湾，更会对区域的稳定及和平产生影响。他强调反渗透法、和国安五法是用来防堵中国的分化破坏，捍卫国家的主权、安全、民主与自由。
尽管赖清德强调，愿意在对等、尊严的前提下，和中国展开交流合作。但他使用的词语与中国官方立场完全不同调，双方难找到共通的语言。
影响两岸交流的要件上，反渗透法的重要性并不高，绝大部分民众反对中国介选；但民众同时也期待能与中国维持多面向交流，认为两岸官方沟通管道处于寒冬期的情况并非健全发展，如果遭遇状况，甚至有擦枪走火的潜在可能。
民进党在捍卫台湾主权的同时，新政府要如何开展与中国大陆健康有序的交流，实有急迫性。中国方面藉立法院国民党访团赴大陆之际，连环提出恢复海上客运直航、恢复30个航点客运直航等等要求；福建省也宣布新一批的惠台措施，迅速出招；而共军在海峡的进逼，灰色侵扰动作从未停止。民进党认真打认知作战之余，有必要尽速执行务实的两岸策略，如同赖清德所说「展开自信的交流」，「增进彼此了解、与和解，以及两岸人民福祉」。
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